Der Obere Gaisalpsee ist ein 0,8 Hektar großer Hochgebirgssee auf 1769 Meter Höhe in den Allgäuer Alpen und zählt damit zum Naturschutzgebiet Allgäuer Hochalpen. Er hat keinen oberirdischen Abfluss und liegt in einer Geländestufe südlich oberhalb des Unteren Gaisalpsees (1508 m), die von Rubihorn, Gaisalphorn, Geisfuß, Gundkopf, Nebelhorn und Entschenkopf überragt wird.