Podtrosecká údolí je prírodná rezervácia, ktorá vznikla v roku 1999 prepojením a úpravou dvoch starších prírodných rezervácií - Údolí Žehrovky a Rašeliniska Vidlák (obe boli vyhlásené v roku 1985). Hlavným predmetom ochrany je najrozsiahlejší komplex mokraďových biotopov na území Českého raja. Územie do seba zahŕňa rybníky a vodné toky v kaňonovitých údoliach, ktoré sú lemované pieskovcovými skalami. Medzi rybníkmi sú tzv. kvetnaté lúky, čo sú veľmi bohaté biotopy, ktoré potrebujú pravidelné kosenie, inak strácajú svoju druhovú diverzitu. Na tento typ biotopu je viazaných niekoľko druhov chránených motýľov - napr. modráčik bahniskový (Phengaris nausithous). V oblasti je niekoľko menších puklinových prameňov (napr. Prdlavka u Věžického rybníka), ktoré umožnili vznik nivných rašelinových pôd, na ktoré sú viazané vzácne spoločenstvá rastlín.