Prachatické muzeum je příspěvková organizace Jihočeského kraje, který je zřizovatelem muzea.. Sídlí v Sitrově domě na hlavním náměstí v Prachaticích. Užívá též budovu v Neumannově ulici čp. 183, jejímž vlastníkem je Jihočeský kraj a která vznikla jako přístavba budovy Sitrova domu.